
No século XVII tem início um tempo de grandes mudanças que atingiriam a região onde está situada a cidade de Rio Claro. O branco português e o espanhol iniciaram um avanço mais decisivo sobre as novas terras.
Embora possa ser considerado um início de desenvolvimento econômico da região, tem início também um grande momento de sofrimento para as populações nativas, culminando com praticamente a dizimação de todas elas.
Foi o tempo da atuação das Bandeiras. Por uns considerados grandes desbravadores. Para outros, os promotores de um grande genocídio dos quase seis milhões de índios existentes no Brasil desde o descobrimento. Em pouco menos de 400 anos restaram apenas 250.000 índios em todo Brasil, vivendo em situações de extrema penúria, com problemas de demarcação de terra e outros problemas sociais graves. A sobrevivência desses poucos núcleos restantes é bastante precária.
No século XVI, várias tentativas de incursão pelos sertões, a partir do litoral, em todo país, foram estimuladas pelo governo Português. A maioria delas não teve sucesso e sofreu bastante resistência da população indígena. Contudo, serviu para dar início à ocupação e preparar o caminho para que as Bandeiras , ou Entradas como também eram chamadas, do século seguinte, tivessem sucesso nas suas empreitadas.
Um outro fator contribuiu com a ganância pela busca aos metais precisos cujas notícias circulavam por toda a Colônia. “Em 1610, os jesuítas receberam autorização do rei da Espanha para catequizar os índios que viviam nas regiões próximas do Rio Paraná. Isso favoreceu a penetração para o interior, no sentido sul e oeste. As padres fundaram aldeamentos, onde juntaram indígenas dos grupos Guarani, Jê e Kaingang.” (Atlas Municipal Escolar: Geográfico, histórico, ambiental. Coordenação: Rosângela Doin de Almeida. Rio Claro: FAPESP: Prefeitura Municipal de Rio Claro: UNESP – Campus de Rio Claro, 2001).
Esse fator fez com que se estimulasse o outro lado das atividades das Bandeiras: o aprisionamento de índios para a escravidão. Junte-se a isso a captura de negros fugidos das fazendas e se terá um dos momentos mais bárbaros da história do país. As missões jesuíticas tornaram-se presa fácil da belicosidade dos bandeirantes, pois seu trabalho de catequização objetivava a reunião desses indígenas, o aculturamento e o apaziguamento dessa população.
O que pensavam os jesuítas, seria um trabalho de evangelização e ajudaria a população nativa, acabou se tornando um alvo fácil dos bandeirantes. Aqueles que não foram escravizados foram simplesmente dizimados, dada a superioridade bélica dos invasores.
Acabaram surgindo bandeiras especializadas apenas na caça ao índio e na caça a escravos e índios fugitivos. Outras, organizavam-se em torno da busca de ouro, prata e outros metais preciosos.
O Atlas Municipal citado, nos traz a informação de que as expedições de Bartolomeu Bueno da Silva, cuja primeira incursão ocorrera em 1676, foram as primeiras bandeiras a percorrer a região onde hoje encontram-se Limeira, Rio Claro e Ipeúna. Nessa época surgiam noticias da descoberta dos metais preciosos na região de Goiás e Mato Grosso.
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